Não te preocupes, não é trabalho duplicado, são duas fases diferentes e o projecto serve de base direta para a monografia final, não é para deitar fora depois.

O projecto de monografia, também chamado de protocolo de pesquisa nalgumas instituições, é uma versão curta e inicial, normalmente com tema, problema de pesquisa, objetivos gerais e específicos, justificativa, uma revisão de literatura preliminar (não a completa), a metodologia prevista, e um cronograma.

É basicamente o teu plano de voo. Serve para o orientador, e às vezes uma comissão, avaliar se o tema é viável, se o problema está bem definido, e se a metodologia proposta faz sentido antes de investires meses a escrever o trabalho completo. É muito pior descobrir a três quartos da monografia que o tema não tem dados suficientes do que descobrir isso logo na fase do projecto.

Depois de aprovado, a monografia final retoma tudo o que já escreveste no projecto, normalmente com pequenos ajustes, e acrescenta o que faltava: os resultados reais da pesquisa, a discussão, e a conclusão.

Ou seja, o projecto não é trabalho perdido, é a fundação da tua monografia final.